. Các hóa đơn mua hàng hóa kèm Bảng kê: - Bên bán xuất hóa đơn hàng hóa cho doanh nghiệp kèm Bảng kê chi tiết nhưng Bảng kê không đầy đủ các chỉ tiêu theo hướng dẫn tại Thông tư 39/2014/TT-BTC quy định chi tiết về hóa đơn bán hàng và cung cấp dịch vụ: Bảng kê không có dấu của bên bán (HĐ 0152 – 09/01/13), không có thông tin đơn vị bán hàng, mua hàng, các chỉ tiêu Người bán hàng, Người mua hàng, Thủ trưởng đơn vị… học xuất nhập khẩu online lê ánh 
. Cơ cấu nguồn vốn kinh doanh, thủ tục tăng vốn điều lệ.- Tại thời điểm kiểm tra: Vốn điều lệ: x tỷ đồng; Vốn khác: xxxx tỷ đồng. Trong các năm 2009 – 2012, đơn vị đã ghi nhận các nghiệp vụ tăng vốn góp vào TK 4118 ( Vốn khác - Hệ thống tài khoản theo Quyết định 48/2006/QĐ-BTC). Theo các văn bản hướng dẫn về chế độ, chuẩn mực kế toán..thì “ Nguồn vốn khác thuộc nguồn vốn chủ sở hữu ( ngoài Vốn đầu tư của chủ sở hữu/ Vốn điều lệ) gồm: lợi nhuận chưa phân phối, tăng vốn bằng phát hành cổ phiếu mới, các quỹ đầu tư phát triển, dự phòng tài chính...”. Như vậy, với việc tăng vốn của công ty phải được hạch toán vào nguồn vốn góp của chủ sở hữu (các cổ đông công ty).
- Đối với việc tăng vốn của công ty theo Luật doanh nghiệp, Luật chứng khoán thì đơn vị phải tiến hành: thủ tục tăng vốn điều lệ đối với công ty cổ phần (Nghị định 43/2010/NĐ-CP), đăng ký/ báo cáo kết quả chào bán cổ phiếu riêng lẻ đối với công ty cổ phần chưa phải là công ty đại chúng gửi Sở kế hoạch và Đầu tư.
. Nghiệp vụ góp vốn liên doanh/ đầu tư vào đơn vị khác:- Trong năm 2009, kế toán đơn vị có ghi nhận Nghiệp vụ: thu lại vốn góp lien doanh/ đầu tư vào đơn vị khác và không phản ánh lãi/ lỗ từ hoạt động đầu tư. Thông thường khi kiểm tra, quyết toán thuế, cán bộ thuế sẽ yêu cầu cung cấp: Văn bản chấp thuận của Đại hội đồng cổ đồng/ Hội đồng quản trị về việc góp vốn liên doanh/ đầu tư; Biên bản liên doanh; Biên bản hoàn trả vốn đầu tư; Lợi nhuận thu được từ hoạt đồng Liên doanh/ đầu tư.
. Tính và ghi nhận giá nhập kho hàng hóa.- Giá hàng hóa nhập kho (Chuẩn mực số 02 về Hàng tồn kho): giá mua hàng hoá + Chi phí phát sinh từ hoạt động mua hàng hóa
– Các khoản giảm trừ (giảm giá, khuyến mại...). Cụ thể đối với đơn vị: Giá ô tô nhập kho = Giá mua theo Hợp đồng ( Giá CIF hoặc FOB) + Cước biển (nếu là nhập khẩu theo PT: FOB) + Các loại thuế + Các chi phí Handing, THT, nâng rỗng, hạ rỗng, vệ sinh cont..+ Cước vận chuyển nội địa.
- Qua kiểm tra các năm 2009 – 2012, kế toán đơn vị đã không phản ánh đúng giá hàng hóa nhập kho ( Thay vì hạch toán vào Tài khoản 156: Hàng hóa thì kế toán đơn vị lại hạch toán vào tài khoản 142, 242 và kết chuyển vào Chi phí kinh doanh) dẫn đến giá xuất kho sai, giá vốn hàng bán sai.
. So sánh tỷ lệ giá vốn hàng hóa/ Doanh thu các năm:- So sánh tỷ lệ giá vốn hàng bán/ doanh thu các năm thì tỷ lệ giá vốn hang bán dao động từ 96% - 99,2%. Đối với doanh nghiệp thương mại thì tỷ lệ Giá vốn hàng bán/ Doanh thu của đơn vị bất hợp lý.
- Ngoài ra, kế toán đơn vị chưa ghi nhận đúng giá hàng hóa nhập kho dẫn đến giá vốn hàng bán sai. Nếu kế toán đơn vị hạch toán đúng giá nhập xuất kho (ngoài sai sót ghi nhận các chi phí nhập mua hàng hóa) thì tỷ lệ giá vốn hàng bán/ doanh thu của đơn vị có thể > 100%.
- Trong trường hợp: Giá vốn hàng bán của đơn vị lớn hơn hoặc bằng doanh thu. Khi cơ quan thuế kiểm tra, thanh quyết toán có thể ấn định giá trên cơ sở giá giao dịch thông thường trên thị trường (Điểm 1 Mục I Thông tư 69/2002/TT-BTC ngày 16/08/2002 ( trước 07/05/2010) Khoản 2 Điều 4 Thông tư 71/2010/TT_BTC ngày 07/05/2010 (thay thế Thông tư 69/2002/TT-BTC) hoặc Công văn số 2900/TCT-CS ngày 18/08/2011).
- Ngoài ra, đối với các doanh nghiệp có doanh thu lớn, giá vốn hàng bán chiếm tỷ lệ cao, lỗ kéo dài..cơ quan thuế thường nghi ngờ doanh nghiệp có hành vi gian lận thuế, trốn thuế và có thể bị xử phạt truy thu 1 – 3 lần ( Điều 107, 108 Luật Quản lý thuế).
. Các nghiệp vụ dư có Tài khoản 131.- Trong các năm 2009 – 2012, kế toán đơn vị phản ánh các bút toán phát sinh giảm tài khoản 131: Phải thu khách hàng với số tiền lớn (Tổ chức: xxxxx). Do chưa kiểm tra chi tiết Hợp đồng, chứng thu tiền, chi tiền nên chỉ có thể tạm nhận định việc phát sinh giảm TK 131 là do : khách hàng ứng trước tiền mua hàng; ký quỹ nếu là tổ chức phân phối…Tuy nhiên, Số dư Có tài khoản kéo dài và các nghiệp vụ hoàn trả bằng tiền mặt..Với các nghiệp vụ này, CB thuế sẽ yêu cầu cung cấp Hợp đồng, chứng từ thu, chi tiền, giải trình ..do CQ thuế nghi ngờ việc trốn doanh thu (bán hàng không xuất hóa đơn).
. Hạch toán kết chuyển lợi nhuận chưa phân phối năm trước sang năm nay vào ngày đầu năm tài chính:- Tài khoản 421: Lợi nhuận chưa phân phối được phân ra 02 tài khoản chi tiết: 4211: Lợi nhuận chưa phân phối năm trước và 4212: Lợi nhuận chưa phân phối năm nay.
- Về nguyên tắc hạch toán: Tại ngày đầu năm tài chính kế toán cần kết chuyển lợi nhuận chưa phân phối năm trước sang LN chưa phân phối năm này bằng bút toán: N 4212/ C 4211: nếu lãi hoặc N 4211/ C 4212: nếu lỗ. ( Giả sử năm trước lãi và lãi lũy kế thì số dư cuối năm trước thể hiện ở bên Có TK 4212, sang tài chính tiếp theo hạch toán N 4212/ C 4211: để chuyển lãi năm nay sang năm trước nhằm tách lợi nhuận từng năm và số dư Nợ hoặc Có cuối kỳ tài khoản 4212 trên bảng cân đối phát sinh tài khoản chỉ thể hiện lợi nhuận của năm hiện hành)
- Mục đích của việc hạch toán bút toán này ngoài việc đúng bản chất, hướng dẫn theo chế độ kế toán còn giúp người đọc báo cáo tài chính nhìn rõ lợi nhuận năm nay là bao nhiêu, năm trước là bao nhiêu..
. Các bút toán đối ứng tài khoản:- Ngày 28/02/2009, kế toán đơn vị phản ánh Bút toán đối ứng giữa tài khoản 131 và 311: xtỷ ( 131- x). Nghiệp vụ này sai về bản chất tài khoản, nguyên tắc hạch toán và ảnh hưởng đến Báo cáo tài chính của đơn vị.
- Trong năm 2013, kế toán đơn vị phản ánh bút toán đối ứng tài khoản 511 với 2111: x đồng. Nghiệp vụ này sai về nguyên tắc đối ứng tài khoản.